行政部：承担中心的业务管理，包括科研项目、知识产权和档案以及人力资源、财务等管理工作，协调各部门间的关系等。负责与中试转化企业的联络；进行新技术、新产品的宣传，加强与合作企业的协调，为企业提供各类相关技术的咨询和服务工作；组织开展各类复合型人才的培养和专业人员的培训。

技术开发部：承担中心新技术、新产品的研究与开发，组织开展国家、行业的重大科技项目和企业委托开发任务的研发工作；开展单糖化学合成领域的单糖合成方法、单糖合成工艺、药物糖开发、单糖类精细化学品开发及应用等创新活动。

工程技术部：承担国内外成果引进工作，承接各类新技术新产品的中试及产业化，承担成果推广与转化工作，包括规划设计、环境评价、安全评价等。

市场营销部：承担中心市场调研、市场开发、产品宣传、产品销售等营销活动。

测试中心：承担中心的分析测试工作，为社会提供分析测试服务。财务工作由学校财务处协助管理。